Εκκλησία του Αγίου Νικολάου (Σκοτεινή)
Προχωρώντας τώρα αρκετά προς τα ΝΔ όρια του οικισμού, μέσα σε εξοχική τοποθεσία, στη θέση «Κουμαρές», βρίσκουμε το ναό του Αγίου Νικολάου. Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναΐσκος σώζει στο μεγαλύτερο μέρος του τον τοιχογραφικό του διάκοσμο. Στην αψίδα του ιερού εικονίζονται ο Παντοκράτορας και χαμηλότερα τέσσερις ιεράρχες που κρατούν ανοιχτά ειλητά πάνω στα οποία αναγράφονται ευχές, στραμμένοι προς την αγία τράπεζα. Στο κέντρο, μέσα σε δίσκο, εικονίζεται ο μικρός Ιησούς, αποδίδοντας με ρεαλιστικό τρόπο τη μετουσίωση του άρτου και του οίνου της Θείας Κοινωνίας σε Σώμα και Αίμα Κυρίου. Στο ψηλότερο μέρος του ανατολικού τοίχου τοποθετείται η Φιλοξενία των Τριών Αγγέλων από τον Αβραάμ, χαμηλότερα ο Αρχάγγελος Γαβριήλ και η Θεοτόκος από την παράσταση του Ευαγγελισμού, και στην κατώτερη ζώνη δύο λευκοντυμένοι διάκονοι. Στην καμάρα που καλύπτει το ιερό και τον κυρίως ναό, εικονογραφούνται επεισόδια από τη ζωή του Χριστού : η Γέννηση, η Υπαπαντή, η Βάπτιση, η Μεταμόρφωση, ο Ενταφιασμός, η Ανάσταση, η Επίσκεψη των Μυροφόρων στον Τάφο, η Ανάληψη του Χριστού στους Ουρανούς. Ο Ενταφιασμός του Αγίου Νικολάου υποδεικνύει ότι ίσως αρχικά να εικονίζονταν περισσότερες σκηνές από το βίο του επώνυμου αγίου, στο κατεστραμμένο σήμερα δυτικό τμήμα της καμάρας. Στο κατώτερο μέρος των τοίχων του ιερού τοποθετούνται ιεράρχες, ένας στυλίτης άγιος πάνω σε κίονα, καθώς κι ένας νεαρός μάρτυρας. Στο νότιο τοίχο του κυρίως ναού αναγνωρίζουμε τον άγιο Αντώνιο, τον αρχάγγελο Μιχαήλ και την αγία Μαρίνα, ενώ το βόρειο καταλαμβάνουν τρεις οπλισμένοι στρατιωτικοί άγιοι, πιθανότατα οι Γεώργιος, Δημήτριος και Θεόδωρος, καθώς κι ένας ιεράρχης.
Οι τοιχογραφίες αποτελούν χαρακτηριστικό παράδειγμα της επαρχιακής τέχνης της εποχής, και είναι έργο δύο τουλάχιστον ζωγράφων. Οι συγκεκριμένοι καλλιτέχνες έχουν εργαστεί και σε άλλους ναούς της ευρύτερης περιοχής του Ρεθύμνου, κάποιοι από τους οποίους είναι χρονολογημένοι με επιγραφές. Έτσι, και για τις τοιχογραφίες του Αγίου Νικολάου, και κατά συνέπεια για τον ίδιο το ναό, μπορούμε να υποθέσουμε μια χρονολόγηση στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα.